De occulte journalist Hayato Ibuki ontmoet een vreemd meisje tijdens zijn onderzoek naar een reeks mysterieuze zelfmoorden in Tokio. Ze smeekt dat Hayato moet leven voordat ze hem een mystiek apparaat geeft waarmee hij hemelse en geheimzinnige wezens kan vangen.
Hij wordt nu in een wereld gestort die buiten de onze ligt, thuis van gruwelijke monsters en hemelse wezens. Daarin moet hij zich verdiepen in kerkers genaamd Layers en het mysterie van het apparaat oplossen. Waar zijn reis hem leidt, zou het lot van onze wereld kunnen bepalen...
