Phantom Breaker: Battleground Ultimate D1 Edition speelt zicht af in de hoofdstad van Japan, Tokio. De mysterieuze man, Phantom, opereert in de schaduwen om zijn immense krachten terug te krijgen, die verzegeld zijn. Hij gaf een wapen genaamd FA (Fu-mension Artifact) aan jonge getalenteerde individuen en lokte hen naar de strijd door hen te beloven hun wens te vervullen als ze de strijd zouden winnen. Dit komt omdat de botsing tussen de FA's vervorming in ruimte en tijd zal genereren, waardoor een opening ontstaat die leidt naar een alternatieve wereld. Deze opening zal uiteindelijk zijn krachten ontzegelen.
Waka, de jonge dochter van de Kumon-familie die behoort tot een clan van exorcisten die in opstand komen tegen Phantom, en Mikoto, die samenwerking aanbood, probeerden deze samenzwering te stoppen, maar raakten hem kwijt vlak voordat ze hem versloegen. Bovendien is Waka's jongere zus Nagi ontvoerd door Phantom. Itsuki, die ernaar verlangt de held van Justitie te worden, en Yuzuha, een ninja die ooit aan Phantoms verleiding wist te ontsnappen, sluiten zich ook aan bij de strijd. De vier meisjes gaan op zoek naar Phantom en moeten Nagi redden.
Spelkenmerken
